Né le 30 avril 1997, le Centre LGBT de Nantes est issu du changement de nom et d’objet du C.H.A.I.L.A (Comité Homosexuel d’Action et d’Intervention de Loire Atlantique).

Les pionniers voulaient créer un lieu d’accueil permanent qui puisse répondre aux besoins de dialogue, d’informations, de prévention médicale et de vie culturelle de la communauté homosexuelle nantaise.

Depuis 1960 il existait déjà un groupe de personnes qui réfléchissait à la problématique de l’accueil des homosexuels (groupes composés d’homosexuels, de médecins et de curés).

La vie associative gay et lesbienne a démarré en 1973 à Nantes, un an après la création du groupe national de David & Jonathan. La presse locale s’intéresse à David & Jonathan en 1975 (Presse Océan). Les années 80 ont connu de nombreux groupuscules et journaux militants et bruyants plus ou moins éphémères : en 1982 le Groupe de Libération Homosexuel (GLH), Homophone, Homosaïque, les Gays Randonneurs Nantais (pas si éphémères) depuis 1985 et le CHAILA.

Le CGL de Paris existait déjà et un groupe de nantais était en contact avec eux. Après plusieurs réunions s’est posée la question de l’obtention et de la gestion d’un local. En 1997, après quelques mois et de nombreuses délibérations sur son emplacement (discrétion en fond de cour ou visibilité en vitrine...), le local rue du Maréchal Joffre ouvre ses portes. La mairie de Nantes accepte dès la première année de prendre à sa charge la moitié du loyer. L’association Aides propose une avance de fond en cas de besoin.

Les recettes récoltées lors des accueils conviviaux, des débats mensuels (grâce à un réseau de notaires, avocats...), de nombreux vernissages d’expositions et la participation des associations adhérentes permettent d’assurer le reste du fonctionnement.

Quand le gouvernement crée les Emploi Jeunes, le Conseil d’Administration décide la création du poste du permanent en 2000, occupé jusqu’à son terme et transformé par la suite en CDI.

En 2001 après la dissolution de l’association Lesbian & Gay Pride, le Centre prend à sa charge l’organisation de sa première Pride et crée en 2003 son festival de film LGBT : Cinépride.

En 2004, le Centre organise une table ronde "Orientation sexuelle et Droits de l’Homme" parallèlement au Forum Mondial des Droits de l’Homme. Celle-ci sera officiellement intégrée lors des deux suivantes éditions du Forum en 2006 et 2008.